יש בזה מחלוקת בין אחרוני דורנו (עיין שבט הלוי חלק ז' סימן ה', ובאר משה חלק ד' סימן ג', ושער שמעון אחד חלק ב' סימן ד', ובספר נוטרי אמן עמוד ע"ח). ודעת מרן ראש הישיבה שכל שידיו מטונפות לא יענה אמן, אלא ינקה ידיו בכותל או בבגד, ואז יענה (אור תורה שבט תשס"ד סימן נ"ב).