רש"י כתב בזה הלשון: ספר עזרא. ספר שכתב משה ובו קורין בעזרה פרשת המלך בהקהל וכהן הגדול ביום הכיפורים. עד כאן לשונו. ולא כתב שהיה מונח בארון הברית. אלא פשט הסוגיא מורה כן. והתוספות לעיל בעמוד א' בדיבור המתחיל שלא וכו', הקשו כמו שהקשתם על פשט הסוגיא שמבואר שם שנתנו לספר תורה מקום מְרוּוַח בארון כדי שלא יכנס ויצא בדוחק, והקשו התוספות אימתי הוציאוהו, הרי אסור להכנס לשם? וכן לא מצינו שהוציאוהו ביום הכיפורים? ותירצו שמבואר בעירובין (דף ק"ה עמוד א') שמותר להכנס בקדש הקודשים כדי לתקן. והוא הדין כאן שהיו נכנסין לתקן הספר תורה שלא יתעפש חלילה מחוסר שימוש, ותירוץ שני הוא שבמשך חמישים ושתים שנה מזמן שחרבה שילה עד שנבנה בית המקדש בירושלים לא היה קדש הקדשים, והיה מותר לפתוח את הספר תורה. עד כאן דבריהם. והגאון הרש"ש (שם) העיר מדברי רש"י לקמן (שהזכרתם) ותירץ דרש"י מדבר בבית שני שלא היה ארון הברית מפני שנגנז אך הספר תורה יתכן שנשאר והונח במקום אחר בעזרה. ותירוץ אחר שמכיון שמשה כתב י"ג ספרי תורה יתכן שנשאר אחד מהם בעזרה ולא איירי כלל בספר תורה שהיה בארון. עיין שם. ולפי דבריו צריך לומר שמה שאמרו בגמרא שם בעמוד ב' "ספר עזרה לתחלתו הוא נגלל", הפירוש הוא דכיון שמצינו כן בספר תורה שבעזרה, אפשר לומר, שכן היה גם כן בארון. ודו"ק. ועל הקושיא השניה של תוספות (שהיא קושייתכם הראשונה) שלא מצינו שהוציאוהו ביום הכיפורים? תירץ הרש"ש שם דאינו מוכרח, שאפשר לומר שהמשנה במסכת יומא מתארת סדר יום הכיפורים כפי שהיה בבית שני שלא היה ארון בקדש הקדשים. עיין שם. ועיין עוד בהגהות חשק שלמה הנדפסים בסוף המסכת מה שפלפל בזה.