יש פירוש מפורסם של הרב האר"י ז"ל, בהקדים שיש רשעים שעשו מצוות ומעשים טובים ומחמת זה החיצונים ומלאכי חבלה שנבראו מהעבירות שלהם יונקים מהמצוות שלהם, והשי"ת בחסדיו לוקח את המצוות שלהם ונותן אותם לצדיקים כדי שהחיצונים לא יינקו מהם (זה חסד לרשעים שלא יענשו גם על זה). ואם הרשעים חוזרים בתשובה, אז יש צדיקים שאינם רוצים ליהנות מאחרים שמחזירים את המצוות לבעליהם ויש כאלו שמשאירים אצלם. וע"ז אנחנו מתפללים "ותן שכר טוב לכל הבוטחים בשמך באמת" – שאינם נהנים משל אחרים (אלא בוטחים בך באמת שתתן שכרם מושלם), אלא מחזירים לרשעים החוזרים בתשובה הכל, אתה ברחמיך תן להם שכר טוב על זה. "ושים חלקנו" – חלק עוה"ב שלנו אם חטאנו. "עמהם" – בתורת פקדון אצלם שאם נשוב יחזירוהו לנו. (עיין מדבר קדמות למרן החיד"א מערכת הצד"י אות כ"ד, ובבא"ח ש"ר פרשת בשלח אות כ', ובהערות מרן רה"י שליט"א שם). ויש פירוש נוסף של מהרז"ו (על מד"ר דברים פרשת עקב פ"ג פיסקא ג' בד"ה כיון שאמר רפב"י) שרצונו של הקב"ה שהכל יעשה ע"י תפלה ובקשה של הצדיקים ואפילו דבר שמוכרחים כביכול להיות כמו "ותן שכר טוב לכל הבוטחים" וכו'. וכמו שאברהם התפלל על סדום ונח נענש שלא התפלל על המבול. ובסדר היום פירש שיש סוג "בוטחים באמת" דהיינו שבוטחים בך ועושים רצונך (דהיינו מה שעושים רצונך נקרא בטחון באמת) ויש שבוטחים ורוצים לעשות רצון ה' אך לא תמיד עושים ויש להם רק הבטחון בלבד. ואנחנו מבקשים שיתן שכר טוב לכל הבוטחים באמת וישים את חלקנו אנו שלא עושים בפועל רצונו באמת – עם אלו העושים באמת ויתן גם לנו שכר טוב, שגם אם אין מעשינו רצויים, כוונתינו רצויה.