א) היות והרמב"ם כתב בתשובה שהעידו שפתחו התפילין של רב האי, והן מסודרות כמו שפסק (דהיינו כדעת רש"י), ואילו יש המעידים שפתחו התפלין שלו ומצאו שהן מסודרות כר"ת. אבל כבר כתב מרן ראש הישיבה שם שאין זה מוכרח.
ב) מטרת הפסיק כדי שלא יקראו כך: אתה גבור, לעולם ה'. ויישארו התיבות "לעולם ה'" בלי משמעות. בין כך ובין כך תיבת אתה נקראת מלרע.
ג) זוהי קושית הגרא"ח נאה בספרו קול ישראל, דשיטת המג"א אפשרית רק אליבא דר"ת. והביא דבריו מרן ראש הישיבה בירחון אור תורה תשמ"ה סימן צ"ב (ונדפסו הדברים גם בהערות איש מצליח שבסוף משנ"ב ח"ה עמוד לד), והאריך לתרץ, ותורף הדברים שם הוא, שענין חישוב השעות הוא ענין הסכמי ולא הלכתי, שכך הסכימו חכמים לחשב השעות לצורך הענין אע"פ שהיום מסתיים קודם לכן. (וכן להיפך לדעת הגר"א שמונים מהזריחה לשקיעה, כך הסכימו חז"ל לחשב, אע"פ שבודאי לכל הדעות מעלות השחר יום גמור הוא). עיין שם באורך בטוב טעם ודעת.