כל הברכות והתפלות בלשון התורה נתקנו, לבד ממקומות מסויימים שהיתה סיבה לחז"ל אנשי כנסת הגדולה לשנות מלשון התורה, וכמו שהאריכו בזה האחרונים ועל צבאם מו"ר מרן ראש הישיבה שליט"א בספרו בית נאמן (חלק או"ח סימן ו').
וראיה פשוטה וברורה (של רבנו הגאון מוילנא זצ"ל) מלשון המשנה שהבאת (ברכות פ"ו מ"א): על פירות "האילן" הוא אומר "בורא פרי העץ". לשון חז"ל במשנה הוא "פירות האילן" ואעפ"כ תיקנו בברכה "בורא פרי העץ" כלשון תורה.