עיין לגאון עוזינו מרן החיד"א בספר צפורן שמיר (סימן ב' אות ח') שכתב שצריך ללמוד אחר התפלה עם תפלין כי לא יזכה האדם לקנות נפש רוח ונשמה אלא א"כ ילמוד בתפלין וביותר בתפלין של רבינו תם. עד כאן דברי קדשו. והוא הדין לקריאת שמו"ת. ועיין עוד בשערי קודש שם שמנהג הגר"א להניח תפלין דרש"י בשעת הלימוד כמבואר בספר מעשה רב (הובא בשו"ת יביע אומר חלק א' אורח חיים סימן ג' אות ז'). אולם הספרדים קבלו על עצמם הוראות ומנהגי החיד"א כנודע.
איני יודע מה הטעם בזה, ואולי אפשר לשער שתפלין דרבינו תם הם כנגד החכמה והתורה גם היא חכמה.