א) מהמלה אתה של תחילת הברכה ודאי לא קשה, כי היא מלרע. וכנראה כוונתך להמשך הברכה "מחיה מתים אַֽתָּה". אולם מצינו כיו"ב "עתה ידעתי כי ירא אלקים אַ֔תָּה (זקף קטון)" (מלרע והאל"ף פתח). וכן בסוף פרשת ויגש "אנשי נקנה היו עבדיך מנעורינו ועד עַ֔תָּה (זקף קטון)". והסיבה שבזקף קטון אין האל"ף משתנת לקמץ רק באתנח וסוף פסוק. וסימניך "כי אפ"ס (אתנח סוף פסוק) כָּסֶף". והכא נמי בברכה שמלת אתה אינה באתנח.
ב) לא הבנתי מה הספק, ודאי שמי שמבדיל בין דל"ת רפויה לדגושה צריך גם כאן להבדיל. ופשוט.